【内閣府 公益法人メールマガジン】第192号 令和6年4月17日発行
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内閣府 公益法人メールマガジン 第192 号 令和6 年4 月17 日発行
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【目次】
1. 公益法人運営のワンポイントアドバイス
■手引きの改訂について
■収支相償、特定費用準備資金について（再掲）
2．政府からのお知らせ
■インボイス制度及び軽減税率制度に関する周知等について（協力依頼）
■【内閣府認定の公益法人のご担当者様へ】国と特に密接な関係がある公益法人の
該当性に関する報告についてのお願い（内閣官房内閣人事局）
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1．公益法人運営のワンポイントアドバイス
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■手引きの改訂について
本日、「申請の手引き〔公益認定編〕」、「変更認定申請・届出の手引き〔公益法人
用〕」及び「定期提出書類の手引き〔公益法人用〕」を改訂しました。
様式の更新等形式的な修正に加えて、下記のとおり【地方税】に係る納税証明書提
出の取扱いに変更がありますので、法人の皆様は御留意ください。特に、東京都２３
区内に事務所が存する法人の皆様は、御一読願います。
「申請の手引き〔公益認定編〕」
https://www.koeki-info.go.jp/pdf/tebiki03-kouekinintei.PDF
「変更認定申請・届出の手引き〔公益法人用〕」
https://www.koeki-info.
go.jp/pdf/tebiki05_hennkouninnteisinnseinadonotebiki_kouekihoujinnyou.PDF
「定期提出書類の手引き〔公益法人用〕」
https://www.koeki-info.
go.jp/pdf/tebiki04_teikitesyutsushorui_kouekihoujinnhenn_20231204.pdf
公益認定申請する場合、滞納処分に係る国税及び地方税の納税証明書を提出しなけ
ればならず、毎年度の事業報告時においては、財産目録等に、滞納処分に係る国税及
び地方税の納税証明書を添付して提出しなければならないとされています（公益社団
法人及び公益財団法人の認定等に関する法律施行規則（平成１９年内閣府令第６８
号）第５条第３項第６号及び第 38 条第１項第１号）。
今般、納税義務のない税目に係る課税庁に係る納税証明書の取得・発行が法人・税
当局の負担になっているとのお声を受け、手引きの改訂でその負担を軽減することが
できる【地方税】の納税証明書の提出範囲について取扱いの変更を行いました。
（手引き改訂前）
・「申請の手引き〔公益認定編〕」において、「納税実績の有無にかかわらず提出が必
要」「従たる事務所としての登記の有無にかかわらず、全ての事務所所在の都道府県及
び市区町村について、全ての税目に係る証明書を提出」
・「定期提出書類の手引き 公益法人編」において、「従たる事務所としての登記の有無
にかかわらず、全ての事務所所在地について提出」
（手引きの改訂後）
・「申請の手引き〔公益認定編〕」において、「地方税（都道府県税及び市町村税）にあ
っては、貴法人の納税義務がある税目について、すべての税目に係る証明書を提出」
・「定期提出書類の手引き 公益法人編」において、「地方税（都道府県税及び市町村
税）にあっては、貴法人の納税義務がある税目について、すべての税目に係る証明書
を提出」
これにより、例えば、これまで提出していた自治体の納税証明書のうち、
・東京都の特別区に事務所があるが、軽自動車を保有しておらず、（都税事務所で都
税と併せて納税証明書が発給される特別区税以外の）特別区税（この場合は特別区税
たる軽自動車税）が課税されない
・自治体の条例に基づき法人住民税均等割等の免除を受けている
といった場合には、当該自治体の納税証明書は添付不要となります。
他方で、法人事務所がない自治体に固定資産を有しており、固定資産税の納税義務
がある場合には、当該固定資産が存する自治体の納税証明書が必要となります。
公益認定申請を考えている法人の皆様、事業報告を控えている公益法人の皆様にお
かれましては、上記の変更点等を踏まえ、必要書類の御準備をお願いします。
なお、今回の改訂に当たり、不明な点等については、各行政庁へお問合せくださ
い。
■収支相償、特定費用準備資金について（再掲）
収支相償は、公益認定法第５条第６号及び第１４条に基づくものであり、公益法人
が税制優遇を受ける前提となるものです。
収支相償は、公益目的事業に係る収入がその実施に要する適正な費用を償う額を超
えないという基準ですが、公益法人制度等に関するよくある質問（FAQ）問Ｖ－２－
(3)にも掲載しておりますとおり、単年度で必ず収支が均衡することまで求めるもので
はなく、中長期で収支が均衡することが確認されればよいものです。
https://www.koeki-info.go.jp/pdf_faq/05-02-03.PDF
収支相償を含む財務基準を満たす方策の1 つとして、特定費用準備資金の積立てに
ついてご紹介します。
下記リンク先、公益法人information 令和4 年6 月14 日付「内閣府からのお知ら
せ」掲載の特定費用準備資金の広報資料「特費のすすめ」をご覧いただき、特定費用
準備資金の活用をご検討ください。
https://www.koeki-info.go.jp/pdf/20220614_tokuhinosusume.pdf
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2．政府からのお知らせ
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■インボイス制度及び軽減税率制度に関する周知等について（協力依頼）
各法人におかれましては、インボイス制度への対応に向けた各種取組につきまし
て、ご理解・ご協力を賜り、お礼申し上げます。
今般、事業者団体等から国税当局に対し、１．金融機関で入出金サービスや振込サ
ービスを利用した際の各種手数料に係るインボイスの保存方法、２．クレジットカー
ド会社の発行するタクシーチケットに係るインボイスの保存方法について、実務を踏
まえた取扱いの可否に関する照会が寄せられました。
これを受け、国税庁では「お問合せの多いご質問」を更新し、実務面に配慮した取
扱いを示したところです。また、上記１については、動画形式での解説も公表すると
ともに、電子帳簿保存法（電子取引データ保存）に関する対応についても「電子帳簿
保存法に関するお問合せの多いご質問（令和６年３月）」を更新してその取扱いを示し
たところです。
つきましては、貴法人及び傘下組織の各会員事業者やその取引先における対応を的
確に進めていただく観点から、周知・広報にご協力いただきますようお願い申し上げ
ます。
また、令和６年６月１日より、消費税の軽減税率の対象となる給食の一食当たりの
金額基準が変更となることから、国税庁において、別添のとおりリーフレットを作成
しています（※）。
こちらについても、会員の方々やその取引先に、有料老人ホームの設置者や運営
者、各種学校の設置者、給食調理業者など、関係する事業者がいらっしゃる場合は、
併せて周知いただけますと幸いです。
※ 国税庁ホームページ
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/01
.htm
【金融機関の振込手数料等に係るインボイスの保存方法】
・お問合せの多いご質問 ※該当箇所は問㉓
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf
/0521-1334-faq.pdf
・動画「３分でわかる 銀行振込手数料のインボイス対応」
https://youtu.be/81RbYU3b7rE
・（参考・電子帳簿保存法）お問合せの多いご質問（令和６年３月）※該当箇所は電取
追２－２
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0023011-017.pdf
【クレジットカード会社の発行するタクシーチケットに係るインボイスの保存方法】
・お問合せの多いご質問 ※該当箇所は問25
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf
/0521-1334-faq.pdf
【軽減税率の対象となる給食の金額基準の改訂】
・令和６年６月～消費税の軽減税率の対象となる給食の金額基準が変わります
（令和６年４月）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf
/0024003-094.pdf
また、公益法人information の政府からのお知らせには、上記資料のほか、「インボ
イス記載事項チェックシート」、「マンガでわかる インボイス記載事項」、「３分でわか
る インボイス○○○○シリーズ（動画）」、「お問合せの多いご質問（令和６年３月
版）」、「消費税の確定申告に関する情報」、「中小企業・小規模事業者向け支援策」の情
報を掲載しております。
（令和６年３月27 日掲載）
https://www.koeki-info.go.jp/administration/oshirase.html
■【内閣府認定の公益法人のご担当者様へ】国と特に密接な関係がある公益法人の該
当性に関する報告についてのお願い（内閣官房内閣人事局）
管理職職員であったことがある国家公務員ＯＢは、離職後２年間、公益社団法人又
は公益財団法人（公益法人）のうち、「国と特に密接な関係があるものとして政令で定
めるもの」（密接公益法人）の役員等として再就職をすることとなった場合には、再就
職の前に内閣総理大臣（内閣官房内閣人事局）に届出を行うこととされています（国
家公務員法第106 条の24 第１項等）。
本届出制度の円滑な運用を図るため、公益法人のご担当者様におかれましては、「密
接公益法人」への該当の有無について、毎事業年度の終了後原則として３か月以内に
ご確認いただき、（１）「密接公益法人」に該当することとなった場合、（２）（これま
で該当していたが）該当しないこととなった場合、及び（３）該当している法人の名
称に変更があった場合には、内閣人事局までご報告いただきますようお願いいたしま
す。
「密接公益法人」には、例えば、直近の事業年度の決算において、当該公益法人の
収入金額の総額に占める国から交付を受けた補助金や委託費などの総額の割合が、三
分の二以上である公益法人が該当します。詳細は、内閣人事局ホームページをご覧く
ださい。
https://www.cas.go.jp/jp/gaiyou/jimu/jinjikyoku/recruit.html
（「密接公益法人」の基準を定めた関係法令や、内閣人事局への報告方法、「密接公
益法人」の一覧などをご覧いただけます。）
＜お問い合わせ先＞
内閣官房内閣人事局退職管理担当
TEL：03－6257－3765
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Mail:koueki-seminar.s8h/アットマーク/cao.go.jp
送信の際は「/アットマーク/」を「@」に置き換えてください。
＜国・都道府県公式公益法人行政総合情報サイト：公益法人Information＞
https://www.koeki-info.go.jp/index.html
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