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変更認定・変更届出、定期提出書類等の申請・提出に係る手続についてはこちらを御覧ください。

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公益法人・移行法人に対する監督の基本的な考え方、立入検査の考え方をまとめています。

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公益法人制度についてのよくある質問

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公益法人の申請・届出

公益法人は、毎期、事業年度開始前に事業計画などの届出に加え、事業年後経過後3か月以内に事業報告等の届出が必要とされています。

役員の変更などがあった場合には、変更の届出の手続きが必要です。その他、事業内容に変更があった場合には変更認定申請が必要とされる他、合併や事業譲渡、公益事業の全部廃止においてはその届出が必要です。合併の場合は合併後の変更事項定款、消滅法人の事業報告などの提出が求められる点に注意しておく必要があります。なお、新設合併で公益法人の地位を承継する場合には、事実上の公益認定基準等の確認の必要性があるため、その認定申請手続が必要です。

解散の場合は、公益目的財産を含む残余財産の処分に関連して解散後の財産の引渡し見込みや精算結了までの各段階で届出が必要とされます。

公益認定の取消の時も公益目的財産を有しているので、取消後の変動の報告や公益目的財産の贈与契約の成立報告などが求めれられます。

  STEP1 STEP2 STEP3
公益法人の設立 一般社団法人・一般財団法人

公益認定申請(認定法第4条、第7条、認定法施行規則第5条)

A1-1

公益社団法人・公益財団法人
毎年の定期報告

事業年度開始前まで

事業計画等の届出(認定法第22条第1項、認定法施行規則45条)

C1-1

事業年度経過後3か月以内

事業報告等の届出(認定法第22条第1項、認定法施行規則第46条、第57条)

C2-1

 

事業内容の変更

  • 公益目的事業の活動領域の変更
  • 公益目的事業の種類・内容の変更

合併に伴う場合には、合併から3ヶ月以内に

変更認定申請(認定法第4条、第7条、認定法施行規則第5条)

A2-1

遅滞なく

変更認定後の定款及び登記 印鑑証明の提出(認定法施行規則第10条第3項)

B2-1

合併場合合併の日から3か月以内

合併消滅法人の事業報告等の新設法人による提出(認定法施行規則第60条第4項)

B34-1

定款・役員などの各種変更、軽微な変更

  • 名称又は代表者の変更
  • 収益事業等の内容変更
  • 都道府県の区域の変更又は事務所の所在場所の変更
  • 事務所の所在場所の変更
  • 公益目的事業の種類又は内容の変更
  • 定款の変更
  • 理事(代表者を除く)、監事、評議員又は会計監査人の氏名若しくは名称の変更
  • 理事、監事及び評議員に対する報酬等の支給の基準の変更
  • 事業に必要な許認可等の変更

変更の届出(認定法第13条第1項、認定法施行規則13条)

B4-1

   

合併や事業譲渡、公益事業の全部廃止

  • 合併や事業譲渡
  • 公益目的事業の全部廃止

合併や事業譲渡のうち変更認定申請の手続きと条件が重なる場合は変更認定申請手続きへ

新設合併で公益法人の地位の承継をする場合を除く

合併等の届出(認定法第24条第1号)

B14-1

合併の日から3か月以内

合併消滅公益法人の事業報告等の提出(認定法施行規則第10条第4項)

B3-5

 

新設合併で公益法人の地位を承継する場合

  • 公益目的事業の活動領域の変更
  • 公益目的事業の種類・内容の変更
  • 収益事業の内容の変更

合併に伴う場合には、合併から3ヶ月以内に

新設合併における公益法人の地位承継の認定(認定法第25条第1項、第4項)

A3-1

新設法人成立後

地位承継認可後の定款及び登記事項証明の提出(認定法施行規則第60条第3項)

B2-5

新設法人成立3か月以内

合併消滅法人の事業報告等の新設法人による提出(認定法施行規則第10条第4項)

B3-5

解散

合併以外の理由による解散の場合、清算人は1か月以内に解散の届出

解散の届出(法人法第148条、第202条、認定法第26条)

B18-1

債権者の催告期間*経過後

残余財産の引渡し見込みの届出(認定法第26条第2項、法人法第233条)

B19-1

残余財産引渡し後

清算結了の届出(認定法第26条第3項)

B20-1

認定の取り消し

公益認定の取消の届出(認定法第29条第1項第4号)

A4-1

取消後3か月以内

公益目的財産額の変動報告(認定法施行規則第68条第1項)

B35-1

取消後3か月以内

取消等の日から1か月以内の贈与契約成立報告
(認定法施行規則第51条第1項)

D2-1

公益法人の税務上の申請・届出

公益法人には、税制上の優遇措置が設けられており、その公益的活動をを支援する仕組みとして機能しています。

個人や法人が公益法人に寄附を行った場合、その寄付金額に対して所得税や法人税の控除が受けられるほか、公益法人の消費税の仕入税額控除額の計算において有利な取り扱いを受けることなどが可能となります。

これらの個人や法人等が税制上の優遇措置を受けるために一定の証明等が要求されることがあり、そのために公益法人側において必要な手続きが定められています。

それぞれ手続きごとに要件が定められており、手引きに記載されているので確認してください。

  STEP1 STEP2 STEP3

寄附を受ける予定がある場合

租(税特別措置法41条の18の3)

税額控除対象法人の証明申込

Z-1

   
消費税関連

消費税の特定収入に該当しない寄付金に係る確認の申請

Z-50

特定支出の範囲内で使途を変更した場合

消費税の特定収入に該当しない寄付金に係る確認の変更申請

Z-51

事業年度終了後

消費税の特定収入に該当しない寄付金に係る実施報告

Z-52

寄附者の側で税務上の譲渡所得が生じる場合

公益法人等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税措置における基金に関する証明

Z-61

公益法人等に対して財産を寄付した場合の譲渡所得等の非課税措置における基金明細書の提出

Z-62

 

移行法人(整備法123条1項)の運営と申請・届出

移行法人は、それまで有していた公益目的財産について、定款などの基本ルールやその支出計画の実施計画を立案し、認可されたうえで一般法人に移行しています(整備法117条、119条、45条)。このため事業年度ごと(事業年度経過後3か月以内)に「公益目的支出計画実施報告書」の提出が求められます。

このため、基本ルールの変更や公益目的支出計画の変更についてはその内容や重要性に応じて認可あるいは届出の手続きが定められいます。

合併や解散、精算についても、公益目的財産が影響を受けるので、認可申請や届け出の手続が定められています。

  STEP1 STEP2 STEP3
毎期必要な報告

計算書類など公益目的支出計画実施報告書の提出(整備法127Ⅰ、整備法施行規則41、42)

B43-1

公益目的支出計の終了

公益目的支出計画完了確認請求(整備法124、整備法施行規則34)

D4-1

 
公益認定時

公益認定を受けた場合の届出(整備法132Ⅱ)

B44-1

 
公益目的支出計画の変更

公益目的支出計画の変更の認可申請(整備法125Ⅰ、117②、整備法施行規則36)

A7-1

 

公益目的支出計画の変更

(軽微な場合)

公益目的支出計画の変更の届出(整備法125Ⅲ②、整備法施行規則37I)

B39-1

 
定款などの変更

変更認定申請(整備法125Ⅰ、117①)

B45-1

 

定款などの変更

(軽微な場合)

変更の届出(整備法125Ⅲ、整備法施行規則37Ⅰ)

B46-1

※法人の名称、住所、代表者氏名の変更
 定款で残余財産の帰属に関する事項を定めたとき又は変更したとき
 定款で法人の存続期間若しくは解散の事由を定めたとき又は変更したとき
 実施事業を行う場所の名称又は所在場所のみの変更
 特定寄附の相手方の名称又は主たる事務所の所在場所のみの変更
 各事業年度の公益目的支出の額又は実施事業収入の額の変更で、次のいずれにも該当しないもの

  • 各事業年度の公益目的支出の額が公益目的支出計画に定めた公益目的支出の額の見込みを下回る変更で、当該変更により公益目的支出計画が第二十五条第十号に規定する日(次号において「完了予定年月日」という。)に完了しなくなることが明らかであるもの
  • 各事業年度の実施事業収入の額が公益目的支出計画に定めた実施事業収入の額の見込みを上回る変更で、当該変更により公益目的支出計画が完了予定年月日に完了しなくなることが明らかであるもの

合併の予定の変更又は当該合併がその効力を生ずる予定年月日の変更

合併をするとき

合併の届出(整備法126Ⅰ,整備法施行規則38)

B41-1

公益法人が存続するか新設された場合

合併消滅法人の公益目的支出計画実施完了確認を受けたと見做された旨の届出(整備法126条6項)

B42-5

 
解散するとき

解散の届出(整備法125Ⅲ⑤、整備法施行規則37Ⅱ)

B40-1

 
精算時の残余財産の帰属について

残余財産の帰属先の認可(整備法130Ⅰ、整備法施行規則48)

A8-1